熱交換型では家中の換気（一時間あたり一五〇平方メートル以上）が給気フィルターと熱交換エレメントを通過しますので、これらのメンテナンスがたいせつです。フィルターの劣化は空気の汚れ具合にもよりますが、メッシュが細かいほどこまめな清掃・交換が必要で、おおむね二週間から一ヵ月に一度のフィルター清掃が必要です。フィルターが目詰まりすると換気量は急速に減り、熱回収率が低下し、モーターにも余計な負荷がかかるので、設備の耐久性を縮めます。ときに「花粉が採れるフィルターを装備」などと無責任なコピーを目にすることがありますが、かりにほんとうに三〇ミクロン程度の花粉が採れるフィルターを装備したとすれば、三日で目詰まりを起こして用をなさなくなります。熱交換エレメント（定価三万円程度）は二〜三年に一度、フィルターは一ヵ月に一度交換が必要ですから、維持費用と手間はかかります。エアコンのフィルターでもなかなかこまめに清掃しない家には向いていないかもしれません。
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